OTM DNA-isolatie in het veld

Fluctus Industrial Engineering en Sylphium Molecular Ecology hebben gezamenlijk een “VIA 2021”-ontwikkelingsproject doorlopen. Hierin zijn technieken ontwikkeld om snel, eenvoudig en buiten het laboratorium DNA te kunnen zuiveren.
Deze manier van DNA zuivering biedt de mogelijkheid om op locatie, snel DNA te kunnen isoleren en DNA analyses uit te kunnen voeren. Snelle- en op locatie uit te voeren DNA analyses zijn in het bijzonder relevant voor producten en omgevingen waar ziekteverwekkers voor kunnen komen en waar mensen gebruik van maken, zoals voedsel en zwemwater. In zwemwater en recreatieplassen kunnen ziekteverwekkende bacteriën zoals E. coli, Enterococcen en Leptospirose (veroorzaker ziekte van Weil) voorkomen. Daarnaast komen in dit water ook vrijwel altijd humuszuren, tannines en looizuren voor. Deze groep stoffen verstoren DNA analyses zoals PCR zeer ernstig en gedraagt zich in chemische zin vrijwel gelijk aan DNA. Dit maakt zuivering van DNA uit humuszuren, tannines en/of looizuren houdend water zeer moeilijk.
Het is de projectpartners gelukt om een “nieuw” matrix materiaal en de juiste buffers toe te passen, dat uitermate efficiënt en selectief verontreinigingen zoals humuszuren bindt terwijl DNA vrijwel niet wordt gebonden  en langs de matrix gaat. Tevens is het gelukt om dit ook met zeer lage concentraties DNA voor elkaar te krijgen zoals voor eDNA analyses bruikbaar zijn.
Voor het project is een speciale kolom ontwikkeld waar het matrixmateriaal in zit en die voorzien is van een Luer-lock aansluiting bij de in en uitgang van de kolom. Dit maakt het mogelijk om in het veld met kleine injectiespuiten DNA extracten over de kolom te spuiten en het DNA gezuiverd te krijgen voor DNA analyses.